九州学生の駅伝は、九州地区大学体育大会の駅伝の部として昭和26年に産声を上げて、以来32回大会まで九州各県の持ち回りで開催されていた。
昭和58年度からは、九州学生陸上競技連盟の主催競技会として、熊本県阿蘇町を中心とした周辺町村の協力を得て平成9年まで15回、7区間70km前後の阿蘇五岳コースで開催してきた。
第16回大会は、島原市を中心とした島原半島各市町の協力を得て、会場を島原半島へ移設し、全日本大学駅伝コースに匹敵する島原・雲仙コース8区間93.9kmを設定した。移設初年度は、25校の参加により開催したが、この年からテレビ放映が始まり、島原半島の風光明媚な中を走り抜ける選手の熱戦が映し出されるなど、これまで以上に学生スポーツへの興味・関心度の高揚や各大学の競技力向上の取り組みが見られるようになってきている。
また、第26回大会からは、島原市全域にコースを移し、厳しい山岳路の眉山や美しい海岸線を望むコース8区間91.1kmを設定した。この年は第一工業大学が出雲駅伝で3位に入り、シード権を獲得しており、この年の駅伝で3位に入れば、次年度の出雲駅伝の出場権が得られるため、激しいデッドヒートが繰り広げられた。
なお、参加大学に当たっては、第18回大会までは加盟大学であれば、特に参加条件や資格などは設けていなかったが、第19回大会から競技力の向上と競技運営の円滑化のため、シード制及びオープン参加制を導入した。つまり、本大会15位までは、次年度大会への参加権を付与するとともに、以下の大学へは標準記録のクリアー等を義務付けた。また。同一校の複数チームや複数校からなる連合チーム編成に対しても一定の標準記録を突破することでオープン参加を可能にした。